#3050. DNA Sequence Alignment
DNA Sequence Alignment
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Gnaileux Iew 最近对生物信息学产生了兴趣。他日以继夜地阅读论文,全身心投入学习。今天,他准备回顾生物信息学中的基本问题:DNA序列比对。他的目标是找到一个简单而有效的算法,用于对两个高度相似的DNA序列进行全局比对。
DNA序列由一系列字符表示,字符可能是'A'、'G'、'C'或'T'。为了比对两个DNA序列,可以在序列中插入一些空位,使得两个序列长度相同。然后,通过一个得分矩阵计算每一对匹配字符的得分。Gnaileux Iew 使用了一个最小化得分矩阵,因此比对的总得分应尽可能小。以下是Gnaileux Iew使用的得分矩阵:
例如,比对DNA序列 "AAGACG" 和 "CAGAGCTC" 可能如下:
-AAGA-C-G
CA-GAGCTC
总得分为 。
Gnaileux Iew 只对高度相似的序列比对感兴趣。严格来说,满足 ,其中 和 是需要比对的两个序列, 是 和 的最长公共子序列的长度。
输入格式
输入包含多个测试用例。每个测试用例包含两行,分别是要比对的两个DNA序列。DNA序列仅包含字符 'A'、'G'、'C' 和 'T'。每个序列的长度不超过 50000。
可以假设所有输入用例均为高度相似的序列。
输出格式
对于每个测试用例,输出一行,表示比对的最小总得分。
样例输入 1
AGTGCTGAAAGTTGCGCCAGTGAC
AGTGCTGAAGTTCGCCAGTTGACG
CACAATTTTTCCCAGAGAGA
CGAATTTTTCCCAGAGAGA
样例输出 1
12
7